11 Temmuz 1992 tarihli 21281 sayılı Resmi Gazetede yayınlanan TBMM'nin 3 Temmuz 1992 tarihinde kabul ettiği 3837 sayılı Kanun ile kurulan Mersin Üniversitesi’nin kuruluş yasasında yer alan Fen Bilimleri Enstitüsü ise 1993-1994 eğitim-öğretim yılından itibaren lisansüstü çalışmalarına başlamıştır. İlk eğitim, öğretim ve sınav yönetmeliği 23 Eylül 1993 tarihli 21707 sayılı Resmi Gazetede ilan edilmiş ve yürürlüğe girmiştir. Enstitü bünyesinde 22 anabilim dalında; 21 tezli yüksek lisans programı, 3 ikinci öğretim tezsiz yüksek lisans programı ve 16 doktora programı yürütülmektedir. Programların kuruluş yılları aşağıdaki tabloda yer almaktadır. Kuruluşundan bu yana enstitümüz müdürlüğünü 10 farklı öğretim üyemiz yürütmüştür. Müdürlerimizin isimleri kronolojik sırayla aşağıda verilmiştir.
| TEZSİZ YL | TEZLİ YL | DOKTORA | |
| ARAZİ YÖNETİMİ, TAŞINMAZ DEĞERLEME VE GELİŞTİRME | 2021 | - | - |
| BİLGİSAYAR MÜHENDİSLİĞİ | - | 1996 | 2020 |
| BİYOLOJİ | - | 1993 | 1993 |
| BİYOTEKNOLOJİ | - | 2012 | 2013 |
| ÇEVRE MÜHENDİSLİĞİ | - | 1993 | 1993 |
| DENİZ ULAŞTIRMA VE İŞLETME MÜHENDİSLİĞİ | - | 2024 | - |
| ELEKTRİK - ELEKTRONİK MÜHENDİSLİĞİ |
| 1994 | 2008 |
| FİZİK | - | 1994 | 2005 |
| GEMOLOJİ | - | 2019 | - |
| GIDA MÜHENDİSLİĞİ | - | 1993 | 2003 |
| İNŞAAT MÜHENDİSLİĞİ | - | 2013 | 2020 |
| JEOLOJİ MÜHENDİSLİĞİ | - |
|
|
| KİMYA | - | 1996 | 2003 |
| KİMYA MÜHENDİSLİĞİ | - | 2002 | 2013 |
| KÜLTÜR VARLIKLARINI KORUMA | - | 2015 | - |
| MAKİNE MÜHENDİSLİĞİ |
| 1994 | 2014-2024 |
| MATEMATİK | - | 1994 | 2004 |
| METALURJİ VE MALZEME MÜHENDİSLİĞİ | - |
| 2022 |
| NANOTEKNOLOJİ VE İLERİ MALZEMELER | - | 2012 | 2013 |
| SU ÜRÜNLERİ | - | 1995 | 2004 |
| ŞEHİR VE BÖLGE PLANLAMA | - | 2010 | - |
| UZAKTAN ALGILAMA VE COĞRAFİ BİLGİ SİSTEMLERİ | - | 2019 | 2020 |
